An die Zuverlässigkeit der Prüfergebnisse werden hohe Anforderungen gestellt. Die Arzneimittelprüfstelle unterhält daher, wie in der Verwaltungsvorschrift zum Arzneimittelgesetz gefordert, ein umfassendes Qualitätssicherungssystem. Dabei werden auch die Vorgaben des Qualitätssicherungssystems der Länder im Bereich der Arzneimittelüberwachung umgesetzt. Die Qualitätssicherungsbeauftragte des Dezernates arbeitet in der Arbeitsgruppe Qualitätssicherung des Landesamtes für Verbraucherschutz mit.
Die Arzneimittelprüfstelle war seit 2004 von der ZLG nach DIN EN ISO/IEC 17 025 akkreditiert. Die Reakkreditierung erfolgte im März 2009. Im August 2013 erfolgte die Neuakkreditierung bei der Deutschen Akkreditierungsstelle (DAkkS) gemeinsam mit den anderen akkreditierten Bereichen des LAV. Die Arzneimittelprüfstelle konnte wiederum nachweisen, dass die ihr übertragenen Aufgaben mit hoher Kompetenz und Zuverlässigkeit bearbeitet werden. Dies ist Voraussetzung für die qualitativ hochwertige Erfüllung der Aufgaben im Verbraucherschutz. Die Akkreditierung als Prüflabor nach DIN EN ISO/IEC 17 025 ist auch eine gute Grundlage für die Kooperation im OMCL-Netzwerk sowie mit anderen Behörden und stärkt die Akzeptanz der Analysenergebnisse durch die Gerichte.